中心配備了完善的藍細菌培養平臺、合成生物發酵平臺、儀器分析平臺、蛋白純化平臺、藍細菌產業化示范平臺。同時，建設了藍細菌知識共享平臺 CyanoFinder 和藍細菌動態領域檢測平臺。