以綠色發展理念為指導，微生物制造工程中心借助生物信息學、結構生物學、分子酶工程和生物催化轉化等合成生物學技術手段，圍繞企業實際生產需求，構建生物催化特種酶元件庫和酶法生物合成技術平臺，重點圍繞酶的挖掘、篩選和改造以及功能化合物酶法生物合成工藝的開發應用展開研究，推動醫藥、食品、化工、能源等領域功能化合物的綠色生物合成。分別在手性胺類藥物中間體和甘油葡糖苷分子的酶法生物合成方面取得關鍵性突破。中心并與天津斯芬克司藥物研發有限公司共建“中科斯芬克司藥物合成特種酶聯合實驗室”，以促進藥物有機合成和生物催化的緊密結合，推動我國醫藥行業的綠色可持續發展。